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Panda vs Numpy

Ce qu’il faut retenir

Numpy et Pandas n’ont pas exactement les mêmes objectifs.

Dans la plupart des cas, NumPy peut être légèrement plus rapide que pandas, car NumPy est plus bas niveau et a moins de surcharge. Cependant, pandas offre des structures de données et des fonctionnalités plus avancées, ce qui peut faciliter le travail avec des ensembles de données complexes. Les performances relatives de NumPy et pandas dépendent également des opérations spécifiques effectuées sur les données, de sorte que les différences de performances peuvent varier en fonction des tâches spécifiques. Certaines fonctions n’existent qu’avec pandas, et qui n’ont pas d’équivalents NumPy sont : read_csv, read_excel, groupby, pivot_table, merge, concat, melt, crosstab, cut, qcut, get_dummies et applymap.

Résultats

Résultat : image générée : notez bien que j’ai appelé des fonctions « bas niveau » pour qu’on voie ce que NumPy a dans le ventre et des fonctions qui n’existent que dans pandas, que ré-implémentées en Python pur + NumPy.

Résultats pandas vs NumPy

Code source

Voici le code source que j’ai fait, qui appelle quelques fonctions connues de NumPy et de pandas.

import numpy as np
import pandas as pd
import time
import matplotlib.pyplot as plt

# Générer un grand ensemble de données
data_np = np.random.rand(30_000_000)
data_pd = pd.DataFrame({"values": data_np})

operations = (
    "sum",
    "mean",
    "filter",
    "cum_sum",
    "sort",
    "complex",
    "pivot",
    "group_by",
    "rolling",
)
time_np = []
time_pd = []


# Définir une fonction pour chronométrer et stocker les temps d'exécution
def measure_time(start_time, end_time, time_list):
    time_list.append(end_time - start_time)


# Effectuer les différentes opérations et mesurer les temps d'exécution
for operation in operations:
    # print(f"operation: {operation}")
    print(f"{operation}")
    if operation == "sum":
        start_time_np = time.time()
        result_np = np.sum(data_np)
        end_time_np = time.time()
        measure_time(start_time_np, end_time_np, time_np)

        start_time_pd = time.time()
        result_pd = data_pd["values"].sum()
        end_time_pd = time.time()
        measure_time(start_time_pd, end_time_pd, time_pd)

    elif operation == "mean":
        start_time_np = time.time()
        mean_np = np.mean(data_np)
        end_time_np = time.time()
        measure_time(start_time_np, end_time_np, time_np)

        start_time_pd = time.time()
        mean_pd = data_pd["values"].mean()
        end_time_pd = time.time()
        measure_time(start_time_pd, end_time_pd, time_pd)

    elif operation == "filter":
        start_time_np = time.time()
        filtered_np = data_np[data_np > 0.5]
        end_time_np = time.time()
        measure_time(start_time_np, end_time_np, time_np)

        start_time_pd = time.time()
        filtered_pd = data_pd[data_pd["values"] > 0.5]
        end_time_pd = time.time()
        measure_time(start_time_pd, end_time_pd, time_pd)

    elif operation == "cum_sum":
        start_time_np = time.time()
        cum_sum_np = np.cumsum(data_np)
        end_time_np = time.time()
        measure_time(start_time_np, end_time_np, time_np)

        start_time_pd = time.time()
        cum_sum_pd = data_pd["values"].cumsum()
        end_time_pd = time.time()
        measure_time(start_time_pd, end_time_pd, time_pd)

    elif operation == "sort":
        start_time_np = time.time()
        sorted_np = np.sort(data_np)
        end_time_np = time.time()
        measure_time(start_time_np, end_time_np, time_np)

        start_time_pd = time.time()
        sorted_pd = data_pd["values"].sort_values()
        end_time_pd = time.time()
        measure_time(start_time_pd, end_time_pd, time_pd)
    elif operation == "complex":
        # Générer des données structurées
        data_1 = np.random.randint(0, 1_000_000, (2_000, 2))
        data_2 = np.random.randint(0, 1_000_000, (2_000, 2))

        # Créer des DataFrames pandas
        df_1 = pd.DataFrame(data_1, columns=["id", "value_1"])
        df_2 = pd.DataFrame(data_2, columns=["id", "value_2"])

        # Créer des arrays structurés NumPy
        d_type = np.dtype([("id", int), ("value", int)])
        numpy_data_1 = np.array(
            list(map(tuple, data_1)), dtype=d_type
        )
        numpy_data_2 = np.array(
            list(map(tuple, data_2)), dtype=d_type
        )

        # Jointure avec NumPy
        def numpy_join(data1, data2):
            result = []
            for row1 in data1:
                for row2 in data2:
                    if row1["id"] == row2["id"]:
                        result.append(
                            (row1["id"], row1["value"], row2["value"])
                        )
            return np.array(
                result,
                dtype=[
                    ("id", int),
                    ("value_1", int),
                    ("value_2", int),
                ],
            )

        start_time_np = time.time()
        numpy_result = numpy_join(numpy_data_1, numpy_data_2)
        end_time_np = time.time()
        measure_time(
            start_time_np, end_time_np, time_np
        )  # Ajoutez cette ligne

        # Jointure avec pandas
        start_time_pd = time.time()
        pandas_result = df_1.merge(df_2, on="id")
        end_time_pd = time.time()

        measure_time(start_time_pd, end_time_pd, time_pd)
    elif operation == "pivot":
        # Générer des données structurées
        unique_ids = np.arange(0, 60_000)
        unique_groups = np.arange(0, 3)
        id_col = np.repeat(unique_ids, len(unique_groups))
        group_col = np.tile(unique_groups, len(unique_ids))
        value_col = np.random.randint(0, 100, len(id_col))
        data = np.column_stack((id_col, group_col, value_col))

        # Créer des DataFrames pandas
        df = pd.DataFrame(data, columns=["id", "group", "value"])

        # Créer des arrays structurés NumPy
        d_type = np.dtype(
            [("id", int), ("group", int), ("value", int)]
        )
        numpy_data = np.array(list(map(tuple, data)), dtype=d_type)

        # Pivot avec NumPy
        def numpy_pivot(_data, _id_col, _group_col, _value_col):
            _unique_ids = np.unique(_data[_id_col])
            _unique_groups = np.unique(_data[_group_col])

            pivot_table = np.zeros(
                (len(_unique_ids), len(_unique_groups))
            )


            for row in _data:
                id_index = np.where(_unique_ids == row[_id_col])[0][0]
                group_index = np.where(
                    _unique_groups == row[_group_col]
                )[0][0]
                pivot_table[id_index, group_index] = row[_value_col]

            return pivot_table

        start_time_np = time.time()
        numpy_pivot_table = numpy_pivot(
            numpy_data, "id", "group", "value"
        )
        end_time_np = time.time()
        measure_time(start_time_np, end_time_np, time_np)

        # Pivot avec pandas
        start_time_pd = time.time()
        pandas_pivot_table = df.pivot(
            index="id", columns="group", values="value"
        )
        end_time_pd = time.time()
        measure_time(start_time_pd, end_time_pd, time_pd)

    elif operation == "group_by":
        # Générer des données structurées
        data = np.random.randint(0, 10_000_000, (100_000, 2))

        # Créer des DataFrames pandas
        df = pd.DataFrame(data, columns=["id", "value"])

        # Créer des arrays structurés NumPy
        d_type = np.dtype([("id", int), ("value", int)])
        numpy_data = np.array(list(map(tuple, data)), dtype=d_type)

        # Group_by avec NumPy
        def numpy_group_by_mean(_data):
            _unique_ids, counts = np.unique(
                _data["id"], return_counts=True
            )
            sums = np.zeros_like(_unique_ids, dtype=float)
            for row in _data:
                sums[np.where(_unique_ids == row["id"])[0][0]] += row[
                    "value"
                ]
            return _unique_ids, sums / counts

        start_time_np = time.time()
        numpy_result = numpy_group_by_mean(numpy_data)
        end_time_np = time.time()
        measure_time(start_time_np, end_time_np, time_np)

        # Group_by avec pandas
        start_time_pd = time.time()
        pandas_result = df.groupby("id")["value"].mean()
        end_time_pd = time.time()
        measure_time(start_time_pd, end_time_pd, time_pd)

    elif operation == "rolling":
        # Générer un grand ensemble de données
        data_np = np.random.rand(100_000_000)
        data_pd = pd.DataFrame({"values": data_np})

        window = 100

        def numpy_rolling_mean(arr, _window):
            _cum_sum = np.cumsum(np.insert(arr, 0, 0))
            return (
                _cum_sum[_window:] - _cum_sum[:-_window]
            ) / _window

        start_time_np = time.time()
        numpy_result = numpy_rolling_mean(data_np, window)
        end_time_np = time.time()
        measure_time(start_time_np, end_time_np, time_np)

        # Rolling avec pandas
        start_time_pd = time.time()
        pandas_result = (
            data_pd["values"].rolling(window=window).mean()
        )
        end_time_pd = time.time()
        measure_time(start_time_pd, end_time_pd, time_pd)

# Créer un graphique de comparaison
x = np.arange(len(operations))
width = 0.35

fig, ax = plt.subplots()

rects1 = ax.bar(
    x - width / 2,
    time_np,
    width,
    label="NumPy",
    color="#c9daf8",
    edgecolor="black",
    hatch="//",
    linewidth=1,
)
rects2 = ax.bar(
    x + width / 2,
    time_pd,
    width,
    label="pandas",
    color="#c2e8b8",
    edgecolor="black",
    hatch=".",
    linewidth=1,
    alpha=0.5,
)


# Modification de la taille des marqueurs dans rects2
for rect in rects2:
    rect.set_linewidth(2)

ax.set_yscale("log")
ax.set_ylabel("Temps d'exécution (s) - Échelle logarithmique")
ax.set_title(
    "Comparaison des temps d'exécution entre NumPy et pandas"
)
ax.set_xticks(x)
ax.set_xticklabels(operations)
ax.legend()


def autolabel(rects):
    for _rect in rects:
        height = _rect.get_height()
        ax.annotate(
            "{:.2f}".format(height),
            xy=(_rect.get_x() + _rect.get_width() / 2, height),
            xytext=(0, 3),  # 3 points vertical offset
            textcoords="offset points",
            ha="center",
            va="bottom",
        )


autolabel(rects1)
autolabel(rects2)

fig.tight_layout()
plt.savefig("pandas_vs_numpy.png")

Django scripting : « AppRegistryNotReady: Apps aren’t loaded yet » solution

Si vous voulez faire un script simple qui veut importer votre application construite sur le framework Django, vous ferez sûrement ce code :

import django
from app.models import MyModel

Vous aurez sûrement cette erreur : django.core.exceptions.AppRegistryNotReady: Apps aren't loaded yet.

Pas de panique !
La solution est de lancer setup() de votre application avant les imports, comme suit :

import django

if __name__ == '__main__':
    django.setup()
    # import AFTER setup
    from app.models import MyModel
    # je peux maintenant utiliser MyModel!!

Python : compiler et faire tourner plusieurs versions sans collisions

Il faut aller chercher le code source qui vous intéresse.

Exemple, faire tourner un « vieux » Python 3.6, aller dans les versions ici et prendre celle qui nous intéresse.

Puis récupérer le code source et le compiler :

mkdir ~/source ; cd ~/source
wget https://www.python.org/ftp/python/3.6.13/Python-3.6.13.tar.xz
tar xvf Python-3.6.13.tar.xz
cd ~/source/Python-3.6.13
./configure && make
sudo make altinstall

Et voilà :

~/source/Python-3.6.13$ python3.6
Python 3.6.13 (default, May 21 2021, 17:12:12) 
[GCC 9.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>

Python : EAFP vs LBYL

Très souvent vous pouvez avoir deux styles de codes différents qui font la même chose en Python :


import os

if os.path.exists("fichier.txt"):
    os.unlink("fichier.txt")

import os
try:
    os.unlink("fichier.txt")
except OSError:  # levé si le fichier n'existe pas
    pass

Alors, lequel choisir ?

Personnellement, j’ai toujours préféré le premier choix, et pourtant… dans la documentation officielle, ils le déconseillent !

Pourquoi cela ? Explication : l’opposé de EAFP, c’est LBYL.

EAFP : Easier to ask for forgiveness than permission

Plus facile de demander pardon que la permission. Ce style de codage très utilisé en Python suppose l’existence de clés ou d’attributs valides et intercepte les exceptions si l’hypothèse s’avère fausse. Ce style propre et rapide se caractérise par la présence de nombreuses déclarations try and except. La technique contraste avec le style LBYL commun à de nombreux autres langages tels que C.

LBYL : Look before you leap

Réfléchir avant d’agir.

Ce style de codage teste explicitement les conditions préalables avant d’effectuer des appels ou des recherches. Ce style contraste avec l’approche EAFP et se caractérise par la présence de nombreuses déclarations if.

Dans un environnement multi-thread, l’approche LBYL peut risquer d’introduire une condition de concurrence entre « la vérification » et « la validation ». Par exemple, le code : if key in mapping: return mapping [key] peut échouer si un autre thread supprime la clé du mappage après le test, mais avant la recherche. Ce problème peut être résolu avec des verrous ou en utilisant l’approche EAFP.

Django : comment vérifier si on est en mode debug dans le template

Vous trouverez l’information dans beaucoup de sites, et cela semble très simple : dans votre template, il suffit de faire :

{% if not debug %}Je suis en debug !{% endif %}

En réalité cela ne suffit pas.

Il faut dans votre fichier settings.py, configurer correctement les adresses IP’s qui précisent qu’on est / ou pas / en mode « développement » :

INTERNAL_IPS = ['127.0.0.1', ]

(Notez que ce code peut être largement optimisé et dépendant de l’environnement, par exemple j’ai fait un settings.py qui prend cela en compte)

Django : faire des pages d’erreur sur mesure (404, 500, etc.)

Lorsque vous voulez faire des pages d’erreur sur mesure, c’est très simple… une fois que vous savez !
En effet, la documentation n’est pas très claire…

Voici un résumé de mon expérience, pour faire des pages d’erreur sur mesure (404, 500, etc.).
Il faut d’abord savoir que les erreurs sont des fonctions appelées (= vous ne pouvez pas le faire via les vues génériques).
Ensuite, la documentation donne un exemple, mais ce n’est pas assez.
Grâce aux raccourcis de Django, vous avez la fonction render() à laquelle vous pouvez passer un template et un contexte (= donc des variables).
Je me suis servi de cela pour créer un dictionnaire qui contient les erreurs, et les passer dans dans le contexte avec la clé title et content.


Voici le code des vues qui affiche une erreur « proprement » :

from django.shortcuts import render
from django.utils.translation import gettext_lazy as _
VIEW_ERRORS = {
    404: {'title': _("404 - Page not found"),
          'content': _("A 404 Not found error indicates..."), },
    500: {'title': _("Internal error"),
          'content': _("A 500 Internal error means..."), },
    403: {'title': _("Permission denied"),
          'content': _("A 403 Forbidden error means ..."), },
    400: {'title': _("Bad request"),
          'content': _("A 400 Bad request error means ..."), }, }
def error_view_handler(request, exception, status):
    return render(request, template_name='errors.html', status=status,
                  context={'error': exception, 'status': status,
                           'title': VIEW_ERRORS[status]['title'],
                           'content': VIEW_ERRORS[status]['content']})
def error_404_view_handler(request, exception=None):
    return error_view_handler(request, exception, 404)
def error_500_view_handler(request, exception=None):
    return error_view_handler(request, exception, 500)
def error_403_view_handler(request, exception=None):
    return error_view_handler(request, exception, 403)
def error_400_view_handler(request, exception=None):
    return error_view_handler(request, exception, 400)


Une fois les vues faites, il faut aller dans la déclaration principale de vos vues. Donc le fichier urls.py qui est la racine de votre projet. Si vous mettez le code ailleurs, il sera ignoré.

Dedans, déclarez vos fonctions qui gèrent les erreurs :

handler404 = 'app.views.errors.error_404_view_handler'
handler500 = 'app.views.errors.error_500_view_handler'
handler403 = 'app.views.errors.error_403_view_handler'
handler400 = 'app.views.errors.error_400_view_handler'

Et enfin, dans vos templates, créez un fichier errors.html dans lequel vous pouvez construire votre page HTML qui gère l’erreur « proprement », avec, en plus dans le contexte, les variables {{ title }} et {{ content }} qui affichent respectivement le titre et le détail de l’erreur.

Maintenant, comment, en mode « développement », tester ces pages ? Dans la pratique vous ne pouvez pas, car en mode développement, une erreur affiche les informations de déboguage, et pas vos pages !
La solution : faire une URL qui « simule » l’erreur. Exemple avec 404 : vous ajouter dans vos urls : path('404/', error_404_view_handler), et puis d’afficher votre URL adéquate, soit http://localhost:8000/404/ et vous verrez l’erreur !

Django >= 2.1 : comment faire une administration « sur mesure » et « proprement »

Comment faire simplement une interface d’administration pour le projet entier

Sur les versions de Django < 2.1, il était impossible de surcharger « correctement » l’administration.

  • Créez un fichier admin.py à la racine de votre projet (« à la racine », parce qu’il est « global » à tout le projet)
  • Mettez-y ce code:
    from django.contrib import admin
    class MyProjectAdminSite(admin.AdminSite):
        title_header = 'My project Admin'
        site_header = 'My project administration'

    Bien sûr, changez « MyProject » par le nom de votre projet…
  • Dans settings.py, remplacez 'django.contrib.admin' par 'my_app.apps.MyAppAdminConfig',
  • Dans le fichier apps.py de votre projet, soit my_project/my_app/apps.py, déclarez l’administration comme suit :

    from django.apps import AppConfig
    from django.contrib.admin.apps import AdminConfig
    class MyAppConfig(AppConfig):
        name = 'my_app'
    class MyAppAdminConfig(AdminConfig):
        default_site = 'admin.MyProjectAdminSite'

Quand utiliser __repr__ ou __str__ ?

Cette astuce vient de Dan Bader. Du code, rapidement :

# Émuler ce que fait la std lib :
>>> import datetime
>>> aujourdhui = datetime.date.today()
# Le résultat de __str__ doit être lisible = comme une chaîne :
>>> str(today)
'2017-02-02'
# Le résultat de __repr__ doit lever les ambiguïtés possibles :
>>> repr(today)
'datetime.date(2017, 2, 2)'
# L'interpréteur Python en ligne de commande
# utilise __repr__ pour inspecter les objets :
>>> today
datetime.date(2017, 2, 2)

Django : le polymorphisme : astuces

Un excellent article écrit par Dan Bader (j’ai pas mal discuté avec lui et j’ai son livre, il est vraiment aussi bon que modeste, je vous recommande vivement tous ses articles – et n’hésitez pas à lui parler en Anglais (tant qu’il n’est pas encore trop connu !), il vous répondra sûrement).

Il manque juste ces « petits » détails techniques lorsqu’on se base sur les modèles abstraits et l’héritage au sens « modèle » de Django (Abstract Base Model).

Prenons un exemple simple : vous créez un modèle « simple » Media(models.Model) dont vous allez hériter sur deux modèles : Book(Media) et Dvd(Media).

Ce qui va vous prendre beaucoup de temps (et qui n’est expliqué nulle part de manière claire et directe), c’est que Django, de manière cachée, va créer des propriétés qui vont dans les deux sens entre le modèle parent et le modèle enfant.

Pour reprendre notre exemple, avec les trois modèles : Media = parent, et les deux enfants Book et Dvd.
Imaginez que pour chaque enfant, vous créiez une méthode spécifique, par exemple Book.nb_pages() et Dvd.is_blue_ray()
De manière cachée, vous pourrez à partir du parent, accéder à l’enfant et ses propriété via son nom comme ceci :
my_media = Media.object.get(pk=1)
if hasattr(self, 'book'):  # this Media is a Book:
    my_media.book.nb_pages()
elif hasattr(self, 'dvd'):  # this media is a Dvd:
    my_media.dvd.is_blue_ray()
else:  # direct Media model access:
    pass

A l’inverse, à partir des modèles enfants, pour accéder au parent c’est le nom du modèle parent avec _ptr :
my_book = Book.object.get(pk=21)
my_dvd = Dvd.object.get(pk=75)
# imaginons que "price" est une propriété de Media property. On peut écrire :
print(my_book.media_ptr.price)
print(my_dvd.media_ptr.price)